党群部门
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| 党委宣传部 | 党委统战部 | 保卫部 | 学生工作委员会办公室 |
| 党委研究生工作部 | 离退休工作处 | 人民武装部 | 工会 |
| 团委 |
行政部门
| 校长办公室 | 发展规划与学科建设处 | 人事处 | 计划财务处 |
| 教务处 | 研究生院 | 科学技术处 | 社会科学处 |
| 学生工作处 | 招生与就业工作处 | 国际事务部（港澳台事务办公室） | 保卫处 |
| 后勤保障部 | 审计处 | 国有资产与实验室管理处 | 产业管理处 |
直属单位
| 图书馆 | 档案馆 | 期刊社 | 招标采购中心 |
| 现代教育技术中心 | 信息化办公室（网络中心） | 分析测试中心 | 博物馆 |
| 校友（董）会工作办公室 | 医疗保险管理办公室 | 校医院 | 心理健康教育中心 |
| 教学督导与评估办公室 | 继续教育学院 | 国际交流学院 | 资产经营有限责任公司 |
| 科技园 | 创新创业学院 |
附属单位
| 后勤服务集团 | 附属中学 | 附属小学 | 第一附属医院 |
| 第二附属医院 | 第四附属医院 | 附属口腔医院 | 附属眼科医院 |
| 江西省医学科学院 |
校有产业
| 南昌客车厂 | 江南电子仪器厂 | 江西电子仪器厂 | 江南化工厂 |
| 江西昌大技工澳门葡京网上赌场 | 江西第三机床厂 |
其他机构
| 海军驻南昌澳门葡京网站选拔培养办公室 | 人民武装学院 |